A coleção da Ria de Aveiro tem por centralidade a representação das embarcações típicas da laguna – algumas extintas ou em vias de extinção – e as artes que lhe estão associadas, sendo que o barco moliceiro adquire algum destaque pelos seus painéis de proa e de ré, bem como pelas ferramentas e moldes de construção naval relacionados com esta arte.
Assumem alguma relevância as alfaias agrícolas utilizadas na salicultura, atividade económica que em 1945 dava nota da existência de 253 marinhas em laboração, contrapondo as 39 existentes em 1994 e atualmente não existem mais de meia dezena na região da Ria de Aveiro.